WDL使用目录作为参数

Log

写WDL时，调用目录作为参数传入

需求

WDL里用到了kraken2，其中有个参数--db需要数据库目录作为参数。

  • 无法直接传目录。
    WDL的数据类型只有File，没有Directory。WDL Version 1.1有Directory类型，但目前的Cromwell版本目前不支持WDL Version 1.1。
  • 目录路径每次分析都会改变。
    数据库没有放在镜像内，所以每次Cromwell投递都会将WDL中列出的一堆数据库文件硬链接到call-task中inputs的随机命名的目录，如86***2571-f*7b-476c-b3be-0bf***fe6cfe/call-Kraken2/inputs/-159***78150。

错误方案

Task中声明kraken2_db变量，然后通过command<<<`dirname 原数据库路径`>>>，再赋值kraken2_db变量。
不行，kraken2_db没有被修改，还是一开始声明的值。

正确方案

--db传参时，直接用dirname传入。 

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# WDL

task Kraken2{

	input {
		String Sample
		File Read1
		File Read2
		Int Threads = 1
	}

	File kraken2_db_hash = "/***/Database/Kraken2/hash.k2d"
	File kraken2_db_inspect = "/***/Database/Kraken2/inspect.txt"
	File kraken2_db_opts = "/***/Database/Kraken2/opts.k2d"
	File kraken2_db_seqid2taxid = "/***/Database/Kraken2/seqid2taxid.map"
	File kraken2_db_taxo = "/***/Database/Kraken2/taxo.k2d"
	File kraken2_db_kmer_distrib = "/***/Database/Kraken2/database150mers.kmer_distrib"
	
	command <<<
		kraken2 \
			--threads ~{Threads} \
			--confidence 0.8 \
			--minimum-base-quality 20 \
			--db `dirname ~{kraken2_db_hash}` \
			--output ~{Sample}.output \
			--report ~{Sample}.report \
			--paired \
			~{Read1} \
			~{Read2}

		bracken \
			-r 150 \
			-l S \
			-t ~{Threads} \
			-d `dirname ~{kraken2_db_hash}` \
			-i ~{Sample}.report \
			-o ~{Sample}.bracken
	>>>
	
	output {
		File k2_output = "~{Sample}.output"
		File k2_report = "~{Sample}.report"
		File bracken = "~{Sample}.report"
	}

	runtime {
		docker: "***/kraken2:v2.1.2"
		cpus: threads
	}
}