bcl2fastq数据拆分报错,拆分过程中报错中断
报错信息
有可能出现下面两种报错:
报错信息 1
ERROR: Thread: xxx caught an exception first: ...... bytes_read=0 bytes_expected=xxxxxx
报错信息 2
Mismatching cluster count in BCL file: Cycle #xxx, Tile#xxx: bytes_read=0 bytes_expected=xxxxxx
可能原因
可能是该测序批次数据量太大,缓存读写跟不上,导致有些Cycle文件在写出前就从缓存被丢弃了,文件大小为0,最后导致报错。
解决方案
让读写线程大于加载和处理线程,看下是否能避免报错。
测试方案
重复报错信息
- bcl2fastq参数设置
--loading-threads 10 --processing-threads 10 --writing-threads 10
- 测试结果
报错,出现上述报错信息 1
测试解决方案(较少线程)
- bcl2fastq参数设置
--loading-threads 6 --processing-threads 6 --writing-threads 8
- 测试结果
拆分成功,耗时 1 hour 7 min
测试解决方案(较多线程)
- bcl2fastq参数设置
--loading-threads 14 --processing-threads 14 --writing-threads 18
- 测试结果
拆分成功,耗时 29min