bcl2fastq数据拆分报错

bcl2fastq数据拆分报错,拆分过程中报错中断

报错信息

有可能出现下面两种报错:

  • 报错信息 1
    报错信息1
    ERROR: Thread: xxx caught an exception first: ...... bytes_read=0 bytes_expected=xxxxxx

  • 报错信息 2
    报错信息1
    Mismatching cluster count in BCL file: Cycle #xxx, Tile#xxx: bytes_read=0 bytes_expected=xxxxxx

可能原因

可能是该测序批次数据量太大,缓存读写跟不上,导致有些Cycle文件在写出前就从缓存被丢弃了,文件大小为0,最后导致报错。

解决方案

让读写线程大于加载和处理线程,看下是否能避免报错。

测试方案

重复报错信息

  • bcl2fastq参数设置
    --loading-threads 10 --processing-threads 10 --writing-threads 10
  • 测试结果
    报错,出现上述报错信息 1

测试解决方案(较少线程)

  • bcl2fastq参数设置
    --loading-threads 6 --processing-threads 6 --writing-threads 8
  • 测试结果
    拆分成功,耗时 1 hour 7 min

测试解决方案(较多线程)

  • bcl2fastq参数设置
    --loading-threads 14 --processing-threads 14 --writing-threads 18
  • 测试结果
    拆分成功,耗时 29min