bamdst软件Raw Reads错误导致比对率低

Bug

bamdst的旧版本（21年9月，软件后来有更新，但版本号没变），统计的[Total] Raw Reads (All Reads)错误，导致某些情况下的比对率偏低，On Target Rate也会受影响。

软件版本

问题定位

  • bamdst把primary + secondary当作分母去算比对率了，Reads和Base都是。假如1条Reads在参考基因组上Multiple Mapping到了2个位置，分母是算+2的。导致当Multiple Mapping的Reads较多时，这个软件算出来的比对率（Read和Base）会偏低。
    Bamdst错误结果
  • 一般比对率，按Read算，是=Mapped Reads / (Clean R1 Reads + Clean R2 Reads) * 100
  • 这个样本是：4688627 / （2344520 + 2344520）* 100 = 99.99%。samtools flagstats算出的比对率就是99.99%。
    Samtools Flagstats结果
  • 以上错误的比对率结果是调用21年9月安装的bamdst得到的。2019年12月有个Issue有提到这个问题：Raw Reads (All reads) are a bit off。
  • 以下是2023年11月重新安装的bamdst，算出来的Raw Reads是对的。
  • 但是这两个的软件版本都是1.0.9，Github上也没有Change Log，那就没法知道具体是什么时候修改成正确的了。
    Bamdst正确结果

解决方案

  1. 如果bamdst太旧，建议重新从Github下载再编译安装bamdst。
  2. 或者直接用samtools flagstats提取比对率。