2023
bamdst软件Raw Reads错误导致比对率低
bamdst的旧版本(21年9月,软件后来有更新,但版本号没变),统计的[Total] Raw Reads (All Reads)错误,导致某些情况下的比对率偏低,On Target Rate也会受影响。
Falco测试
Falco软件测试,主要看与FastQC的分析时间、结果一致性、报告界面的差异。
samtools的coverage和bedcov结果不一致
分别用samtools coverage和bedtools bedcov计算区域内的Reads数,得到的结果不一致。
sambamba flagstat没有Primary Mapped Reads
sambamba flagstat统计结果格式和samtools flagstat不一样,没有Primary Mapped Reads
Docker Windows桌面端 释放占用空间
Docker Windows桌面端,删除容器后,占用空间没有释放
pandas数据操作
一些以panda为主的数据分析操作
BLAST短序列比对没有结果
BLAST短序列比对hg19,没有比对结果。需要设置特定参数。
Illumina index hopping 原理
Illumina的Patterned Flow Cell使用了更易产生index hopping的化学反应。通过更谨慎的实验准备,可能改善这种情况,可以忽略对大多数下游应用的影响。
Illumina测序产生的重复序列
Illumina的Patterned Flow Cell产生重复序列
Python文本及脚本加密
Python脚本实现异或方法加密和解密文本文件,通过Cython编译为so文件加密Python脚本